Malgré son étymologie, on prononce /byksi/. Selon Jean-François Bazin dans L’Almanach bourguignon (émission de la radio RCF en Bourgogne), Buxy est le seul nom d’une commune située sur le territoire de l’ancienne province bourguignonne comportant un X en milieu de nom où ce X se prononce /ks/ (le X dans Aloxe-Corton, Auxant, Auxerre, Auxey-Duresses, Auxonne, Auxy, Bissy-sous-Uxelles, Fixin, Franxault, Maxilly-sur-Saône, Semur-en-Auxois, Uxeau, etc. se prononçant /s/). Ce même Jean-François Bazin écrit dans Le Vin de Bourgogne : « le Bourguignon a en horreur les x gutturaux. Il adoucit tout : Fixin se prononce Fissin, Auxey Aussey, Auxerrois Ausserrois, etc. En revanche, on bute sur le x de Buxy : Buk-sy ».
Jusqu'au xive siècle, une importante communauté juive réside à Buxy24, cour Marmagne. Ils sont chassés du royaume en 1306, par Philippe le Bel.
Après la mort de Charles le Téméraire en 1477, le duché tombe entre les mains des rois de France (Louis XI)23. Leur première décision est de faire disparaître ce qui rappelle la gestion des ducs. Les murailles de Buxy sont laissées à l'abandon, et les habitants construisent sur les remparts.
Le roi se réserve d'accorder, à titre de récompense, les revenus des droits seigneuriaux de la prévôté de Buxy. Ces seigneurs deviennent des seigneurs engagistes, mais jamais seigneurs de Buxy.
La réforme calviniste a très tôt un grand nombre d'adhérents à Buxy, pour la plupart issus de classes aisées ou dirigeantes. Ils représentent jusqu'au tiers de la population.
Plusieurs synodes provinciaux se tiennent à Buxy entre 1604 et 1671. Un temple est érigé dans une maison léguée par Humbert Perrault, protestant notoire. La séparation catholiques et protestants ne semble pourtant alors pas très marquée : le notaire Abraham Cornu, protestant, gère les biens des moines de Cluny et de la Ferté. Après la révocation de l'édit de Nantes, les protestants sont victimes de persécutions. Certains émigrent en Suisse, comme la famille Delagrange dont seront issus plusieurs architectes, d'autres se rallient, peut-être sous la contrainte, au catholicisme : en 1730, dit l'abbé Courtépée, on ne connaît plus de calvinistes à Buxy.
En 2002, la commune avec Montagny-lès-Buxy, Saint-Vallerin et Jully-lès-Buxy, accueille la Saint-Vincent Tournante pour l'appellation Montagny36. Avec la canicule de 2003, les vendanges débutent pour certains domaines cette année-là à la mi-août, soit avec un mois d'avance, des vendanges très précoces qui ne s'étaient pas vues depuis 1422 et 1865 d'après les archives37.
En mai 2018, la petite planète (375007) Buxy découverte par Jean-Claude Merlin est baptisée « Buxy ».