Le lieu est mentionné pour la première fois en 1089 sous le nom d'Ecclesia Bellevavre dans les livres du monastère de Baume-les-Messieurs. Cependant, le nom remonte à la période gallo-romaine de peuplement, à l'origine bella vevre, avec la signification d'une belle plaine inondable, mais aussi de broussailles et de sous-bois. En effet, le village est situé au carrefour de cinq voies romaines, dont l'une menait de Verdun-sur-le-Doubs à Poligny, les autres de Dole à Louhans et Lons-le-Saunier. Les découvertes archéologiques (armes de toutes sortes, épées, poignards, lances, pointes de flèches, fers de lance, boucliers) attestent de l'importance de cette agglomération, qui était le plus grand carrefour routier de la Bresse à l'époque gallo-romaine.
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