La commune de Cuiseaux est partagée entre la Bresse louhannaise et le massif du Jura. C'est une des rares communes de Bourgogne dont une partie du territoire est située dans le massif du Jura. Le point culminant de la commune est à une altitude de 645 m (près du sommet de 647 m situé sur la commune de Chevreaux).
La première mention de Cuiseaux (Cuisel)16 date de 1107 (Ponce de Cuisel, présent à une donation faite à Cluny par Guillaume, comte de Mâcon).
La ville obtient sa charte des libertés et franchises en 1265, octroyées par son seigneur, Jean Ier de Cuiseaux († v. 1274 ; suivi de sa veuve Marguerite de Montluel, remariée à Simon de Montfaucon-Montbéliard, sire de Montrond).
Le fief de Cuiseaux appartient à la famille de Cuiseaux jusque dans la 1re moitié du xive siècle (1316 ?) : Jean II de Cuiseaux († 1320) succède à son père Jean Ier, et a pour fils Jean III de Cuiseaux, sans postérité. La suzeraineté (seigneurie éminente) appartenait aux d'Antigny de Ste-Croix, mais Henri d'Antigny la vendit vers 1274/1284 à Robert II de Bourgogne.
Les Cuiseaux étant éteints, les ducs de Bourgogne récupèrent aussi la seigneurie directe, qu'on trouve ensuite aux mains de la Maison de Chalon-Arlay (peut-être parce qu'une demi-sœur du duc Robert II, Marguerite de Bourgogne, dame de Vitteaux, épouse vers 1272/1280 Jean Ier de Chalon, seigneur d'Arlay, d'où Hugues de Chalon d'Arlay. père de Jean II, grand-père de Louis et arrière-grand-père de Jean III, prince d'Orange). Vers 1531, l'héritier du dernier prince héréditaire d'Orange René de Nassau-Chalon († 1544) est son cousin Guillaume de Nassau le Taciturne (1533-1584) : les Orange-Nassau assumeront la seigneurie de Cuiseaux jusqu'en 1633/1634, date à laquelle elle échoit par acquisition aux Bourbon-Condé, car Emilie, fille du Taciturne, mariée à Frédéric-Casimir de Deux-Ponts, la vend alors à Henri II de Condé. Les Condé (dont Mlle de Charolais en 1730) la gardent jusqu'en 1765, pour la vendre au mathématicien Alexis Fontaine des Bertins (1704-1771). Cuisseaux passe ensuite au prêtre Constant Nayme, suivi de son neveu Etienne-Jean Nayme des Oriolles (1744-1816) : Mutatis mutandis, le dernier sire de Cuiseaux devient ensuite le premier maire révolutionnaire.
Lors du rattachement du duché de Bourgogne à la France par le roi Louis XI, à la suite de la mort de Charles le Téméraire, la ville de Cuiseaux resta fidèle à Marie de Bourgogne, la fille du duc. En représailles, le sire de Craon, lieutenant de Louis XI, réduisit la ville en cendres le 25 juin 1477.
À cette époque, Cuiseaux est connu pour disposer d'un lieu singulier : un sanctuaire à répit, la chapelle Notre-Dame-du-Noyer (aujourd'hui convertie en maison particulière)17.
En 1595, la cité fortifiée ouvrit ses portes aux troupes d'Henri IV qui ravageaient alors le comté de Bourgogne.
En 1552 l'humaniste comtois Gilbert Cousin en fait cette description: "A la suite est Cuiseaux au pied d'une montagne. Bien qu'enlaidi par une grande quantité de ruines, ce village porte les marques d'une haute antiquité. Il y a là un collège de chanoines (fondé en 1408). Tout le pays produit du vin."18
La ville est prise par l'armée comtoise le 22 janvier 1637. Elle subit encore d'autres attaques et pillages par le Comtois Lacuson, durant la guerre de Dix Ans.
La maison de Cuiseaux (ou Cuseau, Cuisel) tirait son nom de ce village de la Bresse. Elle possédait la baronnie de Clairvaux.
Jusqu'à la Révolution française, Cuiseaux, localité du département de Saône-et-Loire relevant depuis 1801 du diocèse d'Autun, dépendit du diocèse de Saint-Claude (érigé en 1742).
/image%2F0669521%2F20220605%2Fob_200ec4_avatar-jpb.png){kind=avatar}